生物医学工程学院团委学生会是在学院党委领导和团委指导下，代表全院本科生的主要学生组织，是本科生“自我教育、自我管理、自我服务”的群众性组织，秉承“全心全意为同学服务”的宗旨。
学生会由主席团统筹引领，下设八个职能部门。
组织部：主要负责团组织关系转接、团员管理与团费收缴等基础团务工作；组织开展主题团日活动、院级联合团校等思想教育工作；协助学院开展推优入党、评优评先等工作。
秘书处：负责信息传达、监督执行。日常工作包括会议准备，会议记录，文件存档，物资采购、报账等。
青年志愿者队：统筹管理学院志愿服务，管理相关志愿平台，组织策划社会实践与劳育活动，为学院各类活动提供志愿保障。
科技创新部：负责举办“生医讲坛”系列活动，开展学院特色相关的创新活动；协助大创、挑战杯等赛事工作；对接校团委创业就业部和校学生学术科技协会；协助学院社团发展。
新媒体中心：主要负责学院微信公众号的日常运营，包括海报制作、活动摄影、推文编辑，展现学院风采。
学生发展部：负责学院日常寝室检查，定期举行寝室文化节等课外活动；负责二课平台管理；定期开展干事培训和经验分享会。
文艺部：统筹学院相关文艺活动，丰富同学课余生活。
体育部：统筹学院相关体育活动，丰富同学课余生活。
